Die Behandlung erfolgt mit speziellen Medikamenten (z.B. Fenbendazol, Metronidazol), welche die Parasiten abtöten. In der Regel wird der Hund mehrere Tage lang behandelt. Nach etwa zwei bis vier Wochen muss die Behandlung wiederholt werden, auch wenn Ihr Hund keine Symptome mehr zeigt.

Während der Behandlung sollte die Ernährung des Hundes möglichst kohlenhydratfrei sein, also kein Futter mit Getreide. Giardien ernähren sich hauptsächlich über Kohlenhydrate.

Zusätzlich sollte der Kot des Hundes in dieser Zeit eingesammelt und über den Hausmüll entsorgt werden. Um eine erneute Infektion zu vermeiden, ist es sinnvoll, Liegeplätze zu desinfizieren sowie den Hund, gerade langhaarige, gründlich zu reinigen (zum Beispiel zu baden). Da Giardien in einigen Fällen auch den Menschen befallen können, ist eine ausreichende Hygiene, wie gründliches Händewaschen, nachdem man den Hund gestreichelt hat, wichtig. 

Bei starkem Befall ist es wichtig, dass auch die Liegeplätze in kurzen Abständen heiß gewaschen werden. Am einfachsten geht das, wenn alles mit gut waschbaren Handtüchern abgedeckt wird.